آنالیز بیوانفورماتیکی فاکتور رونویسی MADS-box در گیاه Brachypodium distachyon

Authors

  • زهرا حاجی برات دانشجوی دکتری، گروه زیست‌فناوری گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری‌زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران
  • زهره حاجی برات دانشجوی دکتری، گروه زیست‌فناوری گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری‌زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران
  • عباس سعیدی استاد گروه زیست‌فناوری گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری‌زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران
Abstract:

آغاز گلدهی فاکتور مهمی است که عملکرد گیاه را تحت تأثیر قرار می‌دهد. عوامل محیطی تأثیر معنی‌داری بر مرحله گلدهی می‌گذارند. آنالیز بیوانفورماتیک فاکتور رونویسی MADS-box که به عنوان اجزای مهم در تشکیل گلدهی انجام گرفت. برکپودیوم گیاه مدل جدیدی است که برای درک بهتر مکانیسم‌های ژنتیکی، سلولی و بیولوژی مولکولی گیاهان مورد استفاده قرار می‌گیرد. در این مطالعه 43 توالی ژن‌های MADS-box برکپودیوم با استفاده از روابط فیلوژنی، موتیف‌های محافظت‌شده، نقشه کروموزومی، آنالیز جایگاه اتصال فاکتور رونویسی و ترکیبات آمینواسیدهای آنالیز شدند. هدف از این مطالعه شناخت بهتر مکانیسم‌های مولکولی مرتبط با گلدهی می‌باشد. در این مطالعه، نتایج نشان داد که ژن‌هایMADS-box بر روی تمامی کروموزوم‌های برکپودیوم پراکنده هستند، درحالی‌که کلاسترهای ژنی بر روی تمامی کروموزم‌ها به جز کروموزم شماره پنج قرار داشتند. آنالیز ترکیبات آمینواسیدی نشان داد که لوسین، سرین و گلوتامات بالاترین مقدار و پایین‌ترین میزان مربوط به تریپتوفان بود که باعث القای گلدهی می‌شود. براساس آنالیز فیلوژنی ژن‌ها به 4 گروه تقسیم بندی شدند. تست تاجیما وجود انتخاب متعادل را در توالی MADS-box پیش‌بینی می‌کند و درنتیجه، پلی‌مورفیسم در توالی‌ها حفظ می‌شود. در نتیجه می‌توان گفت که تنوع کل در ژن‌های MADS-box بالا بوده‌است. در مجموع، نتایج ما اطلاعات مفیدی برای بررسی ژن‌های درگیر در پاسخ به گلدهی فراهم نموده و شناخت مکانیسم مولکولی و روابط بین ژنی در مسیر گلدهی را تسهیل ساخته‌است.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

Genome-Wide Analysis of the MADS-Box Gene Family in Brachypodium distachyon

MADS-box genes are important transcription factors for plant development, especially floral organogenesis. Brachypodium distachyon is a model for biofuel plants and temperate grasses such as wheat and barley, but a comprehensive analysis of MADS-box family proteins in Brachypodium is still missing. We report here a genome-wide analysis of the MADS-box gene family in Brachypodium distachyon. We ...

full text

بررسی بیان ژن‌های عوامل رونویسی MADS-box موثر در تشکیل گل در زعفران (Crocus sativus L.)

بسیاری از ژن‌های کنترل کننده گلدهی در گیاهان شناسایی شده‌اند که بیشتر آنها متعلق به خانواده بزرگ عوامل رونویسی MADS-box هستند. گیاه زعفران (Crocus sativus) یک گیاه تریپلوئید نرعقیم و ارزشمند است که به منظور استفاده از گل و بویژه کلاله آن کشت می‌شود. درک چگونگی تشکیل گل در گیاه زعفران به افزایش عملکرد و کاهش هزینه‌های تولید آن کمک زیادی می‌کند. در این تحقیق بیان ژن‌های دو گروه Ag1 و Sep3 از خانو...

full text

Endosperm development in Brachypodium distachyon

Grain development and its evolution in grasses remains poorly understood, despite cereals being our most important source of food. The grain, for which many grass species have been domesticated, is a single-seeded fruit with prominent and persistent endosperm. Brachypodium distachyon, a small wild grass, is being posited as a new model system for the temperate small grain cereals, but little is...

full text

T-DNA mutagenesis in Brachypodium distachyon.

During the past decade, Brachypodium distachyon has emerged as an attractive experimental system and genomics model for grass research. Numerous molecular tools and genomics resources have already been developed. Functional genomics resources, including mutant collections, expression/tiling microarray, mapping populations, and genome re-sequencing for natural accessions, are rapidly being devel...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 8  issue 23

pages  1- 15

publication date 2018-10-23

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023